近日，我校食品与生物工程学院张红印教授团队在植物学领域Top期刊《Horticulture Research》上在线发表论文“Chromatin accessibility profile and the role of PeAtf1 transcription factor in the postharvest pathogen Penicillium expansum”。江苏大学食品与生物工程学院博士研究生王祎然为第一作者，张红印教授为通讯作者。

真核生物的基因表达调控可以在多个水平上进行，其中转录水平的调控发生在基因表达的早期阶段，是大多数基因表达调控的主要方式。在这一过程中，染色质构象的变化和转录因子的作用至关重要。启动子、增强子及其他转录调控区域的松散染色质结构有利于转录因子与顺式调控元件的结合，从而有效控制基因的转录，这些区域也被称为染色质开放区域或染色质可及区域。该研究利用染色质转座酶可及性测序（Assay for transposase-accessible chromatin with high throughput sequencing，ATAC-seq）揭示了重要的果蔬采后致病菌扩展青霉（Penicillium expansum）的染色质开放区域特征，并通过基因敲除和表型分析，研究了bZIP转录因子PeAtf1的功能，为P. expansum的转录调控机制提供了新的见解。

            图 1. ATAC-seq揭示P. expansum染色质开放性及转录因子结合位点特征

该研究通过ATAC-seq分析了P. expansum在营养生长阶段和侵染阶段的染色质开放性，发现P. expansum在两个阶段的染色质开放性特征存在显著差异，且启动子区域在基因转录过程中发挥关键作用，并捕获了P. expansum中转录因子结合位点的保守特征。此外，该项研究揭示了转录因子PeAtf1在调控P. expansum的生长发育和外源胁迫响应中发挥关键作用；并进一步发现PeAtf1负调控P. expansum中氧化应激关键转录因子PeAP1的转录水平，影响PeAP1下游抗氧化途径相关基因的表达水平。

               图 2. PeAtf1调控P. expansum生长发育和氧化应激响应途径

该研究得到国家自然科学基金（32072276; 32102030）和博士后基金（2023M741440）的项目资助。

文章链接：https://doi.org/10.1093/hr/uhae264